（一）办公室（对外合作处）。
负责机关日常运转，承担文电保密、文字综合、安全保卫、政务公开、档案管理、督查督办、政务协调、议案提案、资产管理、信息化建设等工作，指导全市生态环境信息网建设和管理工作。负责全市生态环境保护对外合作与交流。
（二）吉林市生态环境保护督察推进办公室。
监督全市生态环境保护党政同责、一岗双责落实情况；督察督办中央和省生态环境保护督察交办的信访案件、反馈问题的整改落实情况；承担配合中央和省生态环境保护督察组织协调工作。承担吉林市环保督察反馈问题整改工作领导小组办公室日常工作。
（三）综合处。
组织起草地方生态环境政策、规划，协调和审核生态环境专项规划，组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析，承担全市污染物排放总量控制综合协调和管理工作，拟订全市生态环境保护年度目标和考核计划；负责生态环境保护领域改革总体协调工作；承担业务综合材料起草工作。承担吉林市生态环境保护委员会办公室日常工作。
（四）法规处。
组织协调起草生态环境保护地方性法规和市政府规章草案，承担机关有关规范性文件的合法性审查工作，承担机关行政复议、行政应诉等工作，实施生态损害赔偿制度；协调推进机关依法行政建设工作。
（五）科技与财务处。
承担全市生态环境领域固定资产投资和项目管理相关工作；承担机关、派出机构、直属单位财务和内部审计工作；承担生态环境科技工作，参与指导和推动循环经济与生态环保产业发展。
（六）自然生态保护处。
组织起草生态保护规划，开展生态状况评估；指导生态示范创建工作；组织拟订全市自然保护地及生态保护红线监管制度并监督实施；监督生态空间内自然资源开发利用活动、生态保护修复和生态破坏恢复工作，组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。
（七）水生态环境处。
贯彻执行国家和省水污染防治法律、法规、标准、政策及相关规范；组织实施全市重点水体断面水质考核，会同有关部门监督管理饮用水水源地生态环境保护工作。
（八）大气生态环境处（应对气候变化处）。
负责全市大气、噪声、光等污染防治的监督管理，落实省大气环境质量改善目标考核制度，组织拟订重污染天气应对政策措施；协调开展大气面源污染防治工作；落实区域大气污染联防联控协作机制。承担全市应对气候变化有关具体工作。
（九）土壤生态环境处。
贯彻执行国家和省土壤污染防治法律法规、政策、标准及相关规范；负责全市土壤、地下水等污染防治的监督管理；组织指导农村生态环境保护和农村生态环境综合整治工作；拟订土壤环境功能区划，组织开展土壤环境污染状况调查，建设用地土壤环境调查评估，污染土壤治理与修复；监督指导农业面源污染治理工作。
（十）固体废物与化学品处（核与辐射安全管理处）。
负责相关地方性法规、市政府规章草案的起草和有关政策的拟订；负责全市固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理，组织实施医疗废物经营许可等环境管理制度；承担重金属排污许可、总量控制具体工作。承担核、辐射、放射性废物管理工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理；承担对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理；承担核事故、辐射环境事故应急工作；负责核与辐射事故的调查处理，指导核与辐射环境信访工作。
（十一）环境影响评价与排放管理处。
负责规划环境影响评价工作，承担排污许可综合协调和管理工作，组织实施全市“三线一单”工作；负责环境影响评价编制单位建设项目环境影响评价文件质量的日常考核。
（十二）生态环境监测处。
组织开展全市生态环境执法监测、污染源监督性监测、应急监测；负责管理社会化检测机构，统筹协调全市监测工作；负责相关生态环境监测信息发布工作。
（十三）重点流域污染治理推进办公室。
负责统筹协调跨行政区域、跨部门的水污染防治工作，推进重点流域水污染治理项目的实施；拟订和实施重点流域生态环境规划、饮用水水源保护区区划和水功能区区划；指导入河排污口设置。
（十四）人事处。
负责机关、派出机构和直属单位的干部人事、劳动工资、机构编制、教育培训等工作；协助党组负责派出机构及直属单位领导班子和领导干部队伍建设；负责机关离退休干部管理服务工作，指导派出机构、直属单位的离退休干部工作。
行政审批办公室。负责生态环境保护方面有关行政审批事项的受理和审批；负责组织协调行政审批事项的勘查、检测、检验、论证、审核等相关工作；负责有关行政许可证的发放工作；负责行政审批专用章的使用管理；负责法律、法规、规章规定承担的其他行政审批事项；承担授权办理的其他政务服务事项。
机关党委。负责机关、派出机构和直属单位的党群工作。
